Sono individuate due distinte fasi procedimentali: la prima diretta all'ottenimento dell'autorizzazione per l'insediamento e la realizzazione degli impianti produttivi, la seconda, propedeutica all'avvio dell'attività imprenditoriale, concernente il collaudo degli impianti realizzati.

All'interno della prima fase autorizzativa, sono individuati due procedimenti alternativi, atti a perseguire gli obiettivi di accelerazione e semplificazione del procedimento:

- quello semplificato , che si svolge attraverso l'impulso e il coordinamento delle attività istruttorie ad opera della struttura unica, e che prevede la possibilità di attivare la Conferenza di Servizi;

- quello autocertificato , che permette all'imprenditore di avvalersi di autocertificazioni attestanti la conformità dell'impianto alle prescrizioni normative previste e di procedere, comunque, alla realizzazione dello stesso decorsi i termini che la normativa assegna alla Pubblica Amministrazione per eseguire i necessari controlli e le verifiche preventive di idoneità e di completezza della domanda e della documentazione allegata.

Normalmente è lo stesso interessato a poter scegliere quale dei due tipi di procedimento attivare , fatti salvi i casi in cui il ricorso all'autocertificazione è precluso a priori . Quale che sia la tipologia di procedimento prescelta, il D.P.R. 447/98 e s.m.i. assicura dei principi comuni alla base delle diverse tipologie di procedimento:

il principio di unicità, per cui gli utenti dei pubblici servizi, e in particolare le imprese, devono disporre di un unico interlocutore per pratiche che coinvolgono uffici e amministrazioni diverse;

il principio di obbligatorietà , secondo il quale le amministrazioni pubbliche diverse dallo sportello, coinvolte in un procedimento di autorizzazione di impianti produttivi, non possono rilasciare direttamente al richiedente atti, Art. 4, c. 2- bis , D.P.R. 447/98, come modificato dal D.P.R. 440/00. A tale proposito, occorre evidenziare che l'originaria formulazione dello schema del regolamento poi approvato con D.P.R. 440/00, sanciva addirittura, la nullità delle autorizzazioni non rilasciate attraverso lo sportello unico. Su suggerimento del Consiglio di Stato, nella versione definitiva, è prevista l'efficacia solo endoprocedimentale di tali autorizzazioni.

il principio di semplificazione e snellimento dell'azione amministrativa (o di non aggravamento del procedimento), per cui, qualora l'avvio di un'attività o la realizzazione di un impianto produttivo prevedano procedure e tempi più snelli rispetto a quelli introdotti dal D.P.R. 447/98, si applicano le modalità di maggiore semplificazione.